洛斯里被毛孢线粒体基因组的测序及序列分析

发布时间：2020-05-22 16:26

【摘要】：线粒体是真核细胞中负责能量供应的主要场所,它在进化过程中形成了独立于核基因组的遗传体系,记载着生物进化过程中丰富的历史信息,在真菌的鉴别、分类、系统发生和亲缘关系分析中具有很重要的意义。线虫是一种广泛分布的植物病原物,对农业生产造成严重损失,因此线虫的防治成为生防研究的热点。洛斯里被毛孢是线虫的常见内寄生真菌,通过产生毒素消解线虫,能有效降低线虫对植物的侵害,是防治线虫的重要材料。虽然被毛孢属包含许多物种,但目前只有3个物种的线粒体基因组被报道。洛斯里被毛孢USA-87-5菌株的线粒体基因组在2016年已被公布,但我们在使用该线粒体基因组序列的过程中发现可能存在序列和注释错误。因此,本文的研究目的包括(1)报道洛斯里被毛孢正确的线粒体基因组序列,分析其结构组成特征;(2)纠正之前公布的USA-87-5菌株线粒体基因组序列中的错误;(3)进行系统发育分析并与另外2种已公布的被毛孢属真菌(明尼苏达被毛孢和线虫被毛孢)线粒体基因组进行比较分析。以洛斯里被毛孢OWVT-1菌株为研究材料,从其高通量测序的结果中筛选出线粒体基因组的片段进行组装,借助PCR扩增和Sanger测序填补序列中的缺口,拼接后得到完整的线粒体基因组序列。OWVT-1的线粒体基因组呈双链环状DNA分子,全长62949 bp,包含14个PCGs,2个rRNA基因,26个tRNA基因和7个独立的ORF,13个内含子分布于7个基因中,编码rps3蛋白,GIY-YIG或LAGLIDADG归巢内切酶;核苷酸组成显示出高AT含量的特征,偏好使用以A或U结尾的密码子,基因间隔区较长,无长片段的序列重复。最初比对发现OWVT-1的线粒体基因组与USA-87-5公布的的线粒体基因组(KU203675)相差466 bp,二者存在3处长片段的插入缺失与多处短的插入缺失,但经PCR扩增和电泳验证,发现这两个菌株的线粒体基因组序列其实不存在任何差异。3种被毛孢属真菌线粒体基因组具有较强的共线性关系,在基因组成、基因顺序、氨基酸使用频率等方面具有较高的保守性,基因间区的长短是影响这3种真菌线粒体基因组大小差异的最主要因素。本文通过研究洛斯里被毛孢的线粒体基因组丰富了被毛孢属真菌线粒体基因组数据。
【图文】：

技术路线

图 2.1 洛斯里被毛孢线粒体基因组环状图ure 2.1 Circular map of the H. rhossiliensis OWVT-1 mitogenom码基因；红色代表 tRNA 基因，，粉色代表 rRNA 基因；绿色表蛋白编码基因和 rRNA 基因中的内含子；箭头代表转录
【学位授予单位】：山西大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S476.1

【参考文献】

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本文编号：2676274