甘蔗响应赤条病菌侵染的ScPR1基因的鉴定与功能分析

发布时间:2024-02-04 01:46
  甘蔗赤条病是由燕麦食酸菌燕麦亚种Acidovorax avenae subsp.avenae(Aaa)引起的甘蔗主要细菌性病害之一。为从转录组水平探讨甘蔗应答Aaa侵染的分子机制,本研究以抗赤条病新台糖22号(ROC22)和感赤条病闽糖11-610(MT11-610)品种为实验材料。处理组用剪叶法接种Aaa菌液(SC-026),对照组接种无菌培养基,分别在接种0 h、24 h、48 h、72 h后采集甘蔗叶片(3次生物学重复)。采用RNA-seq技术构建甘蔗响应Aaa侵染的转录组文库,探寻甘蔗应答Aaa侵染的差异表达基因(DEGs)及其代谢和信号通路,并对病程相关蛋白ScPR1基因进行克隆和功能验证。主要研究结果如下:(1)从两个品种中筛选出29,887个显著DEGs,其中从抗病品种ROC22中获得18,689个DEGs(45.5%的DEGs为上调表达),而从感病品种MT11-610中获得15,782个差异基因(55.8%的DEGs为上调表达)。KEGG富集分析显示,共有3,818个DEGs富集在67条通路上,主要是苯丙烷生物合成途径(ko00940)、光合作用天线蛋白途径(ko001...

【文章页数】:87 页

【学位级别】:硕士

【部分图文】:

图3-1两个品种不同时间点的差异基因(DEGs)韦恩图

图3-1两个品种不同时间点的差异基因(DEGs)韦恩图

3结果与分析24(R_AaavsR0_CK)中有18,689个,感病品种MT11-610处理组(S_AaavsS0_CK)中有15,782个。在ROC22处理组鉴定到的上下调DEGs分别有8,498和10,196个;MT11-610处理组中鉴定到的上下调DEGs分别有8,807和....


图3-2抗病品种新台糖22处理组差异基因GO功能注释(A):上调差异基因;(B):下调差异基因;BP:生物进程;CC:分子组成;MF:分子功能Fig3-2.GeneOntology(GO)annotationofdifferentiallyexpressedgenes(DEGs)intheAaa-resistantcultivarROC22.Up-(A)anddownregulated(B)BP:biologicalprocess,CC:cellularcomponent,...

图3-2抗病品种新台糖22处理组差异基因GO功能注释(A):上调差异基因;(B):下调差异基因;BP:生物进程;CC:分子组成;MF:分子功能Fig3-2.GeneOntology(GO)annotationofdifferentiallyexpressedgenes(DEGs)intheAaa-resistantcultivarROC22.Up-(A)anddownregulated(B)BP:biologicalprocess,CC:cellularcomponent,...

3结果与分析26图3-2抗病品种新台糖22处理组差异基因GO功能注释(A):上调差异基因;(B):下调差异基因;BP:生物进程;CC:分子组成;MF:分子功能Fig3-2.GeneOntology(GO)annotationofdifferentiallyexpressedgen....


图3-3感病品种闽糖11-610处理组差异基因GO功能注释(A):上调差异基因;(B):下调差异基因;BP:生物进程;CC:分子组成;MF:分子功能Fig3-3.GeneOntology(GO)annotationofdifferentiallyexpressedgenes(DEGs)intheAaa-susceptiblecultivarMT11-610.Up-(A)anddownregulated(B).BP:biologicalprocess,CC:cellularc...

图3-3感病品种闽糖11-610处理组差异基因GO功能注释(A):上调差异基因;(B):下调差异基因;BP:生物进程;CC:分子组成;MF:分子功能Fig3-3.GeneOntology(GO)annotationofdifferentiallyexpressedgenes(DEGs)intheAaa-susceptiblecultivarMT11-610.Up-(A)anddownregulated(B).BP:biologicalprocess,CC:cellularc...

甘蔗响应赤条病菌侵染的ScPR1基因的鉴定与功能分析27最多的是催化活性,2,641个,其次是作用于糖基键的水解酶活性,有211个DEGs。图3-3感病品种闽糖11-610处理组差异基因GO功能注释(A):上调差异基因;(B):下调差异基因;BP:生物进程;CC:分子组成;MF:....


图3-4基于qRT-PCR验证12个差异基因相对表达量(2ΔΔCT)热图

图3-4基于qRT-PCR验证12个差异基因相对表达量(2ΔΔCT)热图

3结果与分析30图3-4基于qRT-PCR验证12个差异基因相对表达量(2ΔΔCT)热图注:星号表示每个时间点相对表达水平的显著性差异(*表示p<0.05;**表示p<0.01);红色表示上调表达,蓝色表示下调表达。Fig3-4.Heatmapdepictingrelativee....



本文编号:3894992

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