谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析

发布时间：2025-07-02 06:02

　　 对谷子NBS-LRR类家族成员进行鉴定,并对其染色体分布、基因结构、保守基序、系统进化及表达水平进行分析,为NBS-LRR类家族基因在谷子抗病分子育种中的应用奠定基础。结果表明,共获得NBS-LRR类家族基因411个,其中含CN(CC-NBS)结构的基因376个,含CNL(CC-NBS-LRR)结构的基因33个,含TIR(Toll interleukin-1 receptor)结构的基因1个,仅含NBS结构的基因1个。多数NBS-LRR类家族基因定位在8号染色体。在谷子中NBS结构域存在4段保守序列,且该家族在系统进化中被分为3类,基因结构多样,保守基序Motif1结构最保守。有23个谷子NBS-LRR类基因与狗尾草存在共线性,21个与水稻存在共线性,仅1个与拟南芥存在共线性,其中Seita.8G088500和Seita.8G088400被鉴定为水稻抗稻瘟病的高度同源基因。谷子与水稻、拟南芥的共线性基因的Ka/Ks值均小于1;与狗尾草的共线性基因中,Seita.6G014500、Seita.6G023500的Ka/Ks值均大于1。表达谱分析表明,在谷子根和穗中高表达的NBS-LRR类基...

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图2 谷子NBS结构序列特征分析

对NBS-LRR类家族基因的表达情况进行分析(图7)发现,除13个基因(Seita.8G136700、Seita.3G400800、Seita.4G250500、Seita.4G244400、Seita.8G244000、Seita.4G244000、Seita.6G021300....

图1 谷子NBS-LRR类家族成员基因染色体定位

选择谷子中长度完整的80个NBS-LRR类家族基因进行基因结构分析及Motif预测。结果表明,有8个基因无UTR区,其余均存在UTR区,有36个基因存在2段NBS区域(图4A—B)。对80条NBS-LRR类基因编码氨基酸序列进行Motif预测发现,其含有8个Motif,较保守的M....

图3 谷子NBS-LRR类基因家族系统进化树

图2谷子NBS结构序列特征分析图4谷子部分NBS-LRR类基因的进化(A)、基因结构(B)及Motif分析(C)

图4 谷子部分NBS-LRR类基因的进化 (A)、基因结构 (B)及Motif分析 (C)

图3谷子NBS-LRR类基因家族系统进化树图5谷子NBS-LRR类家族基因Motif结构分析

本文编号：4055350