基于SSR标记及ITS、cpDNA序列的刺梨遗传多样性分析

发布时间：2024-05-25 08:30

　　刺梨(Rosa roxburghii Tratt.,2n=2x=14)属蔷薇科(Rosaceae)蔷薇属(Rosa),主要分布于我国西南地区,以贵州的种质资源最为丰富。迄今对刺梨的遗传背景知之甚少,基因组信息更是缺乏,导致可用的遗传标记及相关的遗传多样性研究极其有限。本研究利用前期转录组及基因组调研图测序开发的SSR标记,并结合ITS和cpDNA序列,对包括贵州、云南、四川、重庆、湖南、湖北、陕西7省(市)共29个野生刺梨居群的遗传多样性、遗传结构及亲缘地理学等信息进行了分析。主要研究结果如下:1.结合EST-SSR和nSSR各10对引物对29个野生刺梨居群共255份材料进行遗传多样性分析,结果表明,与蔷薇科桃、梨、中国樱桃等植物相比,刺梨居群的遗传多样性处于适中到较高水平(Na=4.00,Ne=3.11,I=1.14,Ho=0.84,He=0.67,Nei’s=0.62),其中以织金(ZJ)居群遗传多样性最高;基于ITS序列变异分析结果共发现9个核苷酸变异,据此定义了10个单倍型,也表现出适中的遗传多样性水平(Hd=0.247,π=0.00040),并以水城(SC)居群遗传多样性最高...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1部分引物在6个野生刺梨（A、B、C、D、E、F）和无籽刺梨（G）、金樱子（H）、悬钩子蔷薇（I）中的扩增（引物026、027、028、029、030信息见表5）

图1部分引物在6个野生刺梨（A、B、C、D、E、F）和无籽刺梨（G）、金樱子（H）、悬钩子蔷薇（I）中的扩增（引物026、027、028、029、030信息见表5）Fig.1Amplificationofprimer26,27,28,29and30sh....

图2引物70对255份材料的扩增Fig.2Amplificationofprimer70showedin255materials50bp—F

图2引物70对255份材料的扩增g.2Amplificationofprimer70showedin255mate结果性的nSSR引物在所有样品上均能扩增出清的扩增条带在4～10条之间，平均7.3条，其87.67%（表4）。图3为引....

图3引物028对255份材料的扩增Fig.3Amplificationofprimer028showedin255materials3.1.2群体遗传多样性分析

27图3引物028对255份材料的扩增Fig.3Amplificationofprimer028showedin255materials3.1.2群体遗传多样性分析3.1.2.1基于EST-SSR群体遗传多样性分析采用卡方检验对各居群的多基因座位....

图4基于STRUCTURE分析对刺梨类群数的数学模型建立Fig.4ModelingofclusternumberforR.roxburghiiusingSTRUCTURE

图4基于STRUCTURE分析对刺梨类群数的数学模型建立Fig.4ModelingofclusternumberforR.roxburghiiusingSTRUCTURE类群1和2在29个刺梨群体中分布的情况有所不同（图5，其中红色代表类....

本文编号：3981934