籼稻珍汕97和明恢63基因组的注释和比较分析
发布时间：2021-06-30 11:06
水稻（Oryza sativa）是最重要的三大粮食作物之一,它为世界上二分之一的人口提供食物。世界上大米种植的区域主要集中在亚洲,其中以我国东南部,日本和东南亚国家最为集中。亚洲栽培稻分为籼稻和粳稻两个亚种,籼稻又分为I型和II型两个亚型。尽管籼稻产量占世界水稻总产量的70%以上,但仍然缺乏一个高质量的参考基因组。珍汕97（ZS97）和明恢63（MH63）是得到广泛推广的杂交水稻汕优63（SY63）的母本和父本,并且在籼稻分类中分别属于籼Ⅰ型和籼Ⅱ型。为了构建准确性高,完整性高,连续性好的参考基因组,本论文结合第一代测序技术、第二代测序和第三代测序技术对两个基因组进行了拼接、延伸和contig定位。得到两个高质量的参考基因组后,对两个基因组进行了全面的注释和比较分析,并对基因组的转录数据进行了研究。主要研究结果如下:（1）Contigs去污染,提高基因组连续性三代测序以BAC clone为材料,在细菌载体传代过程中,细菌载体中有活性的转座子序列可能会插入到ZS97和MH63的序列中,从而污染ZS97和MH63的序列。本研究通过比对分析检测到ZS97和MH63的contigs上分别含有1...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：114 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
世界水稻产量在1961-2013的分布（FAOSTAT）
籼稻珍汕 97 和明恢 63 基因组的注释和比较分析深对水稻杂种优势的认知，研究杂种优势的机理。ZS97 和 MH63 两个基因完成对于籼稻基因组研究具有重要意义。表 1-1 全球水稻每年总产量（FAOSTAT）Table 1-1 total yield of rice from 2005 to 2013(FAOSTAT)年份 区域 产量（吨） 产量增幅#（%）2005 World 634,279,023 0.002006 World 640,924,286 1.052007 World 656,781,512 3.552008 World 688,035,252 8.482009 World 686,928,072 8.302010 World 701,649,506 10.622011 World 721,445,583 13.742012 World 733,256,464 15.602013 World 738,089,040 16.37
据放到一个文件中，然后做数据质量处理，第一步，将蛋白质中非 20 种氨的氨基酸全部转换成 X，用蛋白质 genbank 编号来重新命名蛋白质；第二 ID 和序列重复的蛋白质；第三步，去掉含有 X 比例超过 30%的蛋白质，结果是线粒体或者叶绿体基因的蛋白质；第五步，使用 cd-hit 去冗余（L），去冗余参数：-c 0.9, -aS 0.9。 基因组的去污染BAC clone 传代过程中可能会与目标基因组发生重组交换导致目标基因组本研究中基于三代组装的 contigs 可能会受到载体 E.coli DH10B 的污染，本用 MUMmer3.23 进行双向比对来去除基因组污染（Kurtz et al 2004）。使用 LAST 两个软件来检验污染是否去除干净（Kent 2002, Altschul et al 1990）别、鉴定、去污染三个步骤去除载体污染，最终得到 ZS97 和 MH63 不受ontig 序列（Figure 2-1）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]早籼稻珍汕97B改良新不育系的配合力分析[J]. 李道品,朱世杨,张永鑫,郑伟,洪德林. 浙江农业学报. 2014(04)
[2]新一代测序技术在植物转录组研究中的应用[J]. 梁烨,陈双燕,刘公社. 遗传. 2011(12)
[3]强优势杂交稻组合汕优63杂种优势遗传基础研究进展[J]. 张启发. 中国基础科学. 2008(03)
[4]水稻第四号染色体精确测序完成[J]. 韩斌. 中国科学院院刊. 2003(01)
本文编号：3257628
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：114 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
世界水稻产量在1961-2013的分布（FAOSTAT）
籼稻珍汕 97 和明恢 63 基因组的注释和比较分析深对水稻杂种优势的认知，研究杂种优势的机理。ZS97 和 MH63 两个基因完成对于籼稻基因组研究具有重要意义。表 1-1 全球水稻每年总产量（FAOSTAT）Table 1-1 total yield of rice from 2005 to 2013(FAOSTAT)年份 区域 产量（吨） 产量增幅#（%）2005 World 634,279,023 0.002006 World 640,924,286 1.052007 World 656,781,512 3.552008 World 688,035,252 8.482009 World 686,928,072 8.302010 World 701,649,506 10.622011 World 721,445,583 13.742012 World 733,256,464 15.602013 World 738,089,040 16.37
据放到一个文件中，然后做数据质量处理，第一步，将蛋白质中非 20 种氨的氨基酸全部转换成 X，用蛋白质 genbank 编号来重新命名蛋白质；第二 ID 和序列重复的蛋白质；第三步，去掉含有 X 比例超过 30%的蛋白质，结果是线粒体或者叶绿体基因的蛋白质；第五步，使用 cd-hit 去冗余（L），去冗余参数：-c 0.9, -aS 0.9。 基因组的去污染BAC clone 传代过程中可能会与目标基因组发生重组交换导致目标基因组本研究中基于三代组装的 contigs 可能会受到载体 E.coli DH10B 的污染，本用 MUMmer3.23 进行双向比对来去除基因组污染（Kurtz et al 2004）。使用 LAST 两个软件来检验污染是否去除干净（Kent 2002, Altschul et al 1990）别、鉴定、去污染三个步骤去除载体污染，最终得到 ZS97 和 MH63 不受ontig 序列（Figure 2-1）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]早籼稻珍汕97B改良新不育系的配合力分析[J]. 李道品,朱世杨,张永鑫,郑伟,洪德林. 浙江农业学报. 2014(04)
[2]新一代测序技术在植物转录组研究中的应用[J]. 梁烨,陈双燕,刘公社. 遗传. 2011(12)
[3]强优势杂交稻组合汕优63杂种优势遗传基础研究进展[J]. 张启发. 中国基础科学. 2008(03)
[4]水稻第四号染色体精确测序完成[J]. 韩斌. 中国科学院院刊. 2003(01)
本文编号：3257628
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