关于食管癌亚型食管基底细胞样鳞癌的基因芯片数据分析

发布时间：2024-01-30 02:45

　　分析食管基底细胞样鳞癌(basaloid squamous cell carcinoma of the esophagus,BSCCE)的组织样本基因表达情况,探讨其病理学过程和肿瘤免疫逃逸机制,同时对BSCCE独特的肿瘤微环境及潜在的临床指标在对其远期预后的病理基础进行讨论,以期为临床工作中更好的治疗BSCCE提供一定的理论基础。利用临床术中获取的组织样本及其基因芯片数据,进一步获取BSCCE组织样本与同体正常组织样本的基因差异表达情况(log|FC|≥2,p<0.05),其中BSCCE组织相对于正常组织的上调表达差异表达基因共489个,下调差异表达基因922个,利用DAVID在线分析系统对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路分析获取对BSCCE组织病理情况相关的分析结果,进一步利用STRING-OL工具对差异表达基因的可信度(可信度≥0.4)进行筛选,获取差异表达基因的蛋白质相互作用分析(protein-protein interaction,PPI)结果,进一步利用Cyt...

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图3BSCCE下调差异基因通过STRINGonline工具构建蛋白质相互作用网络构图

图4经由Cytoscape构建BSCCE上调差异基因的PPI分析Figure4Protein-proteininteractionnetworkgraphofdifferentialgenesconstructedviascreeningofup-regulatedgenesinBSCCEbycytoscape(2)

图5经由Cytoscape构建BSCCE上调差异基因的PPI分析

本文编号：3889344