基于宿主防御素基因表达谱判别细菌病毒感染的研究

发布时间：2023-03-28 11:11

　　感染是指病毒、细菌、真菌或寄生虫等病原体侵入宿主所引起的局部组织或全身性炎症反应。临床上不同类型的病原体感染可以针对性的采用不同的治疗策略,如细菌感染可以给予抗生素治疗、真菌感染可以给予抗真菌药物治疗等。因此,准确的病原体感染类型的判别对于感染性疾病的临床治疗具有重要意义。尽管传统的基于形态学、免疫学、分子生物学等的病原体检测方法已经在临床感染类型的判别方面得到广泛应用,近年来基于宿主基因表达谱并利用机器学习方法发现区分不同类型病原体感染的生物标记物从而区分感染类型的研究成为一个新兴的发展方向。这类基于生物信息学的间接诊断方法可以为传统的直接检测手段提供辅助和补充。防御素是有助于宿主防御细菌、真菌和病毒感染的内源性抗微生物多肽。不同的防御素已被证实在先天免疫中对宿主抵御细菌或病毒的感染发挥着重要作用。因此,本研究尝试通过分析防御素及其相关基因在感染过程中的表达来区分病毒感染和细菌感染。首先,我们在国际基因表达数据库(GEO)中筛选含有一种以上的感染类型的表达谱样本,并进一步从中选定了 4个涉及防御素及相关基因表达谱的数据集。其中,我们选取防御素表达值最多、质量最好的数据集作为训练数据集...

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略词表
第一章 引言
    1.1 感染与其诊断方法
    1.2 机器学习与感染类型的判别
    1.3 防御素与感染
    1.4 GEO数据库
    1.5 研究内容
第二章 数据的整合和预处理
    2.1 本实验的目的
    2.2 实验方法
        2.2.1 R语言
        2.2.2 GEO数据集的选择和下载
        2.2.3 数据的整合
        2.2.4 数据的预处理
        2.2.5 防御素基因表达值的提取
    2.3 实验结果与讨论
    2.4 小结
第三章 利用机器学习的方法判别感染类型
    3.1 本实验的目的
    3.2 实验方法
        3.2.1 差异基因表达分析
        3.2.2 定义分类函数
        3.2.3 参数选择与分类模型评价
        3.2.4 数据验证与结果比较
    3.3 实验结果与讨论
    3.4 小结
第四章 讨论
参考文献
致谢



本文编号：3772858