Stargardt病、视锥—视杆营养不良与Nance-Horan综合征家系的致病基因突变筛

发布时间：2021-06-01 19:42

背景:遗传性眼病是由于遗传物质改变所导致的眼部疾病,对眼的结构和功能危害严重,且部分眼病不易在早期发现,是当前影响视觉系统的重要疾病。该类疾病具有众多特点包括:病种多,发病率高,治疗困难,预后较差,致盲性高以及具有高度临床与表型异质性。全外显子组测序(Whole-Exome Sequencing,WES)是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。相比于传统的Sanger测序,该测序方法具有众多优点包括:高效便捷,对样品要求低、灵敏度高,获得的信息量丰富,可以检测到新的致病基因。目的:鉴定 Stargardt 病(Stargardt disease,STGD)、视锥-视杆营养不良(Cone-rod dystrophy,CORD)与 Nance-Horan 综合征(Nance-Horan syndrome,NHS)共三种遗传性眼病家系的致病基因突变,以期发现新的致病突变。同时为患病家系提供有效的遗传咨询,进一步丰富相关疾病的遗传学研究。方法:首先根据家系的初步诊断,查询并获得文献中已报道的相关疾病的致病基因。收集该家系成员的临床检查结果和血液样品,对该家系的先证者进行全外显子组测序。在测序结果中筛选相关致病基因的非同义突变作为最初的候选致病突变。然后通过一系列的生物信息学分析、Sanger测序验证以及共分离分析对这些候选突变进行层层筛选并得到该家系的致病基因突变。最后利用ACMG遗传变异分类与指南对家系的致病突变进行分类。如果在已知致病基因中未筛选得到患病家系的致病突变,则需要扩大候选基因范围或对新的基因进行研究。结果:在STGD家系中筛选得到ABCA4基因中的复合杂合突变NM_000350.2:c.5646GA:p.M1882I,c.3523-2AG;在CORD家系中筛选得到CRX基因中的移码突变NM_000554.4:c.538dupG:p.Val180fs;在NHS家系中筛选得到NHS基因中的移码突变NM_001291867.1:c.302dupA:p.Ala102fs。共分离分析结果表明这三个突变均与家系中的疾病表型共分离,为家系中的致病突变。其中ABCA4中的剪接位点突变以及CRX和NHS中的移码突变均为第一次报道。结论:通过WES,在三个遗传性眼病家系中筛选出三个新的致病突变。新的致病突变的发现拓宽了相应疾病的致病突变谱,有助于为家系成员提供有效的遗传咨询。研究表明WES是一种进行遗传病家系遗传诊断的有效工具。对于一些临床症状不典型的眼病患者,疾病的确诊需要临床表现与遗传诊断的结合。
【图文】：

家系,正方形,成员,黑色

２．２．１研宄对象逡逑我们在广西柳州市妇幼保健院收集到一个初步诊断为ＳＴＧＤ的患病家系，，家系逡逑图见图１。共有８名成员（包括３名患者和５名正常成员）参与到这次研究中，详逡逑细记录了所有研宄对象的基本信息

外显子,来源,测序,试剂盒

图２全外显子组测序的简要流程图逡逑（来源：ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｇｉｌｅｎｔ．ｃｏｍ／）逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋２邋Ｔｈｅ邋ｂｒｉｅｆ邋ｆｌｏｗｃｈａｒｔ邋ｏｆ邋ｗｈｏｌｅ－ｅｘｏｍｅ邋ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ逡逑（ｓｏｕｒｃｅ：邋ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｇｉｌｅｎｔ．ｃｏｍ／）逡逑库构建：逡逑用Ｃｏｖａｒｉｓ破碎仪将符合要求的基因组ＤＮＡ随机打断成平均约１５０－２００使用Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ邋ＡＭＰｕｒｅ邋ＸＰ邋ｂｅａｄｓ对打断后的ＤＮＡ片段进行纯化；１００邋Ｂｉｏａｎａｎｌｙｚｅｒ检测纯化后核苷酸长度；逡逑用Ｉｌｌｕｍｉｎａ邋Ｐａｉｒｅｄ－Ｅｎｄ邋Ｓａｍｐｌｅ邋Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ试剂盒对上述ＤＮＡ片段进行用Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ邋ＡＭＰｕｒｅ邋ＸＰ邋ｂｅａｄｓ对末端修复后的样品进行纯化；逡逑用邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ邋Ｐａｉｒｅｄ－Ｅｎｄ邋Ｓａｍｐｌｅ邋Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ邋试剂盒在己修复的邋ＤＮＡ邋片段嘌呤（Ａ）碱基；使用ＡｇｅｎｃｏｕｒｔＡＭＰｕｒｅＸＰｂｅａｄｓ对３＇末端加Ａ尾的；逡逑用邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ邋Ｐａｉｒｅｄ－Ｅｎｄ邋Ｓａｍｐｌｅ邋Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ邋试剂盒在加邋Ａ邋尾后的邋ＤＮＡ邋片
【学位授予单位】：北京协和医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R77

【参考文献】