基于拟氨基酸编码方法的疾病基因偏好性研究

发布时间：2021-04-07 21:16

　　疾病基因在药物的研制以及对生物体的结构功能等方面具有重要的作用。科学工作者在研究基因的表达时认识到了密码子偏好性的重要作用。通过对不同物种的密码子偏好性研究,发现不同物种的密码子使用情况并不相同,并且存在明显偏好性。而在同一物种中,不同功能的基因其密码子使用偏性也存在着很大的差异。朱平教授利用氨基酸编码方法提出了拟氨基酸编码方法对78个人类基因进行研究,而利用拟氨基酸编码方法对疾病基因偏好性研究,将有重要意义。本文以疾病基因为研究对象,应用拟氨基酸编码方法对疾病基因进行偏好性研究,并根据欧氏距离对密码子进行聚类分析,得到偏好性结果。本文做了下面几点工作:（1）第二章中,密码子适应指数（codon cdaptation index,CAI）是反映密码子偏好性的一个重要指标。由于物种的差异性,研究密码子偏好性的指标也不断涌现。因此,根据拟氨基酸编码方法提出拟密码子适应指数（quasi-codon adaptation index,Q-CAI）。首先通过CAI模型方法,实验结果发现密码子具有偏好性,其次,利用本章提出的Q-CAI方法运算,实验数据比CAI运算值更高,能更有效的评价密码子偏好性... 

【文章来源】：江南大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：40 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

GC3与GC12的含量分布

18图 3-2：基于 RSCU 值的聚类图是以 RSCU 值为基础，进行系统聚类得到的结果是，H2N2 和 H2NH5N9 和 H11N9 聚为一类，H7N2 和 H7N3 聚为一类，H7N1、H7N为一类，表明这些流感病毒序列的血凝素基因亲缘关系较近。

19图 3-3：基于 QRSCU 值的聚类图以 QRSCU 值为依据进行系统聚类，得到结果是：H1N2 和 H5N1 聚N9 聚为一类，H7N1 和 H7N9 聚为一类，H7N2、H7N3 和 H5N9 聚1N9 聚为一类。SCU 值和 QRSCU 值聚类得到的结果有相同又有不同，即血凝素 类，H2N2 和 H2N9 聚为一类，H7N1 和 H7N9 聚为一类，表明这基因亲缘关系较近，但是用 QRSCU 可以将 RSCU 中 H9N2 和 H1为一类。即 QRSCU 聚类更细致，效果更好。而 H1N1，H3N2 与其缘关系较远。

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3124212