河西走廊盐碱土壤中未培养放线菌多样性研究

发布时间：2025-06-10 02:34

　　为更加准确了解河西走廊地区盐碱土壤中放线菌种群结构及其多样性信息。提取盐碱土样微生物总DNA,用放线菌特异性引物扩增16S rRNA基因片段,构建土壤放线菌16S rRNA基因克隆文库,用HaeⅢ和HhaⅠ两种限制性内切酶进行酶切分析,对酶切带型不同的菌液进行测序,并进行多样性和系统发育分析。研究结果表明:通过4种方法对盐碱土微生物总DNA进行提取比较,CaCl2-SDS-酶解法是一种最适于河西走廊盐碱土壤微生物总DNA的提取方法。对河西走廊盐碱土中放线菌多样性指数进行分析,疏勒河流域土样中放线菌多样性为原生>次生>农田;黑河流域土样中放线菌多样性为次生>原生;石羊河流域土样中放线菌多样性为次生>原生>农田。通过对河西走廊地区土样中放线菌的16S rRNA基因序列进行系统发育分析,结果表明:疏勒河流域原生盐碱土(S1)中放线菌分属于微球菌亚目、丙酸杆菌亚目、棒状杆菌亚目、弗兰克氏菌亚目、假诺卡氏菌亚目共5个亚目和放线菌未知类群;次生盐碱土(S2)中放线菌分属于微球菌亚目和丙酸杆菌亚目共2个亚目和放线菌未知类群;农田土(S3)中放线菌分属于微球菌亚目和棒状杆菌...

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 放线菌
        1.1.1 放线菌概述
        1.1.2 盐碱环境放线菌研究现状及意义
    1.2 盐碱土壤微生物多样性研究方法
        1.2.1 盐碱土壤微生物多样性含义
            1.2.1.1 物种多样性
            1.2.1.2 遗传多样性
            1.2.1.3 功能多样性
        1.2.2 盐碱土壤微生物多样性的研究方法
            1.2.2.1 传统的微生物平板纯培养法
            1.2.2.2 生物化学方法
            1.2.2.3 分子生物学方法
    1.3 放线菌分类学研究
        1.3.1 国外分类学进展
        1.3.2 国内分类学进展
        1.3.3 多相分类研究
    1.4 展望
    1.5 本研究目的与意义
第二章 材料与方法
    2.1 试验材料
        2.1.1 土壤样品采集及处理
        2.1.2 主要试剂与器材
            2.1.2.1 主要试剂
            2.1.2.2 主要仪器
            2.1.2.3 引物
            2.1.2.4 培养基
    2.2 研究方法
        2.2.1 土壤微生物总DNA提取方法优化
            2.2.1.1 方法一(Omega试剂盒法)
            2.2.1.2 方法二(MoBio试剂盒法)
            2.2.1.3 方法三(CTAB-SDS法)
            2.2.1.4 方法四(CaCl2-SDS-酶解法)
            2.2.1.5 土壤DNA纯度及浓度的检测
        2.2.2 放线菌 16S rRNA基因的PCR扩增及纯化
            2.2.2.1 第一轮PCR扩增
            2.2.2.2 第二轮PCR扩增
            2.2.2.3 Reconditioning PCR扩增
        2.2.3 PCR产物纯化
        2.2.4 目的基因与载体连接
        2.2.5 转化
        2.2.6 阳性克隆筛选
        2.2.7 16S rRNA基因扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)及测序
        2.2.8 系统发育分析及序列登录号
        2.2.9 数据处理
第三章 结果与分析
    3.1 土壤总DNA提取方法优化及 16S rRNA基因PCR扩增
    3.2 ARDRA分析
    3.3 多样性指数分析
        3.3.1 河西走廊各地区土壤放线菌多样性指数分析
        3.3.2 河西走廊盐碱土壤中放线菌多样性指数分析
    3.4 系统发育分析
        3.4.1 疏勒河流域地区盐碱土壤中放线菌系统发育分析
        3.4.2 黑河流域地区盐碱土壤中放线菌系统发育分析
        3.4.3 石羊河流域地区盐碱土壤中放线菌系统发育分析
        3.4.4 河西走廊地区盐碱土壤中放线菌系统发育分析
第四章 讨论
第五章 结论
    5.1 DNA提取方法优化
    5.2 放线菌多样性指数分析
    5.3 放线菌系统发育分析
        5.3.1 疏勒河流域放线菌系统发育分析
        5.3.2 黑河流域放线菌系统发育分析
        5.3.3 石羊河流域放线菌系统发育分析
        5.3.4 河西走廊地区不同类型土壤中放线菌系统发育分析
参考文献
参与项目与科研成果
致谢



本文编号：4050184