基于高通量测序技术的盐地碱蓬根际细菌群落多样性分析

发布时间：2025-08-12 18:28

　　 碱蓬(Suaeda glauca Bunge)是盐碱性土壤的先锋植物,了解碱蓬根际的微生物,对理解碱蓬适应碱性土壤的生活习性,进一步开发盐地碱蓬具有一定意义。利用Miseq测序平台对采自辽宁红海滩的4个碱蓬样品进行细菌DNA V3+V4序列测定,并分析该植株根际土壤的细菌群落结构及多样性。结果显示,在这4个样品中共检测到143041条有效序列,1346个OTU,涉及27个门类、60个纲类、104个目类、193个科类、355个属类和408个种类;基于OTU数量进行样品间和样品内的多样性分析的结果显示:陆地的盐地碱蓬的根际土壤与水洼附近盐地碱蓬的根际土壤的细菌组成相似,其中陆地样品细菌群落多样性最高;门水平中占比最多的三个门类分别为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes);属水平上,20个优势菌属中变形菌门的细菌属占比接近50%。该结果对了解盐地碱蓬根系微生物组成,探寻碱蓬的生长特性提供了线索,也为寻找和筛选资源微生物提供研究思路。

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【部分图文】：

图2 4株盐地碱蓬根际土壤样品等级丰度曲线

由于样品A、B的多样性无法通过表2比较,本文制作等级丰度曲线反映样品的物种丰度及均匀度,结果如图2所示。图2表明,样品A曲线在横轴的范围最大,说明物种的被排序的OTU数量最多,物种丰度最高;图中样品A、B曲线较为平缓,样品C最为陡峭,表明样品A、B物种组成较均匀,样品C的OTU丰....

图3 4个样品PCA分析图

为了确定4个样品之间细菌群落结构的差异,基于OTU丰度表对vegan包进行主成分分析(Principalcomponentanalysis,PCA)的结果如图3所示。由图3可知,样品A、D的PC1(一种主成成分,对样品中菌群结构的影响为总影响的98.74%)大致相同,样品B的....

图4 门水平TOP20优势细菌相对丰度

变形菌门作为细菌中最大的一门包含许多有利于增加土壤氮含量从而促进植物氮吸收的固氮菌,部分植物内生菌可直接提高植物氮吸收[22];宋红丽等[23]在研究黄河三角洲滨岸潮滩湿地碱蓬对氮输入的适应性时发现,在一定范围内氮素含量越高越利于碱蓬的生长,说明变形菌门中的固氮菌对碱蓬的生长具有....

图5 属水平TOP20优势细菌相对丰度

利用Krona软件,对多样性最高的样品A在门至属类水平进行分析,已知变形菌门在该样品A门类水平占主要地位,在该样品前20个优势属类中,有晒田盐菌属(Salinicola)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、赤细菌属(Erythrobacter)、盐单胞菌属(Halomo....

本文编号：4058953