黄鳝不同地理群体的分子遗传差异及杂交F1代生长性能的比较研究

发布时间：2020-04-15 14:05

【摘要】：黄鳝不仅肉质细腻,营养丰富,蛋白质含量高而脂肪和胆固醇的含量极少,而且还拥有极高的营养价值,是我国一种重要的水产经济养殖动物。目前黄鳝养殖所需苗种主要依赖于野生苗种,而随着野生资源的减少,很多形成地理隔离的地方黄鳝品种开始相互流通。调查黄鳝的遗传结构、保护黄鳝的遗传多样性势在必行。但目前黄鳝育种主要以引种和选种为主,遗传改良进程缓慢、优良品种缺乏,因此在品种选育初期通过早期鉴定和准确选择目标性状提高育种效率就显得尤为重要。本研究选取河南、安徽、湖南和湖北地区8个比较具有明显性状优势的黄鳝品种进行遗传结构的调查,同时选择河南与巢湖地区黄鳝品种进行杂交繁殖试验,为选育黄鳝优良品种提供理论基础。具体结果如下:(1)本研究通过生物信息学分析进行试验方案的系统设计,选取223份野生黄鳝作为试验材料,以水稻基因组为参照,通过高通量测序获得SLAF标签,最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点。结果显示:试验共获得430,983个SLAF标签,其中多态性SLAF标签193,378个;通过序列分析,共开发得到1,992,507个SNP,筛选得到93,112个高一致性的群体SNP。随后运用数学统计学方法,对8份黄鳝个体完成系统进化树、群体结构、PCA分析,发现这8个地点的黄鳝可能来源于四个不同的祖先,由于地理位置的影响使得这8个地点的黄鳝在生长发育过程中发生了遗传分化。通过系统进化树发现分布在安徽的黄鳝有较近的亲缘关系,分布在松滋、公安和长湖的黄鳝具有较近的亲缘关系。(2)选取安徽巢湖自交鳝苗、河南固始自交鳝苗、安徽巢湖与河南固始杂交鳝苗、湖北荆州自交鳝苗进行生长试验,采用玻璃钢小网箱养殖,经过8周的投喂,对4种黄鳝苗种的生长指标进行分析。结果显示:固始与巢湖杂交F1代鳝苗生长速度最快,体长由6月8号的4.23cm增长到12.66cm,体重达到1.9780g;在自交群体中,固始自交F1代鳝苗体增长和体增重达到最大,分别为7.31cm和8.4607g,而其存活率最低,仅为68%。
【图文】：

琼脂糖,梳子,缓冲液,条带

100ng 每毫升，OD260/280 的值于 1.8-1.9 中。使用 1.0％的凝胶电泳检测基因DNA 的完整性。琼脂糖凝胶电泳检测基因组 DNA 的步骤如下：① 取琼脂糖 0.35 克，加入 1X TAE 缓冲液 25 毫升，放在微波炉中加热溶至溶液透明。② 使琼脂糖溶液降温到至 60℃后，然后立即加入 Goldview 核酸染料 1 微混合均匀后，倒入有梳子的载胶板中，待冷却半个小时凝固后，拔掉梳子。③ 将琼脂糖凝固后的胶拿出，缓慢的放在电泳槽的一端，与端线平行放置然后加入缓冲液至淹没凝胶 1cm 左右。④ 取 4ul 的需要检查的 DNA 用 1ul 的缓冲液充分混合，然后将混合液移入泳孔里面，在中间的孔中加 DNAMarker。⑤ 将电泳电压电流调至 120 伏和 100mA，条带跑到一半时取出琼脂块放入像系统，观察条带的情况。基因组 DNA 通过 1.0%琼脂糖凝胶电泳检测后结果如图所示，结果显示条带整正常，可以进行后续相关试验。

流程图,实验流程

（一）酶切方案设计利用百迈克自主研发的电子酶切预测软件对参考基因组进行酶切预测，根据所获得的SLAF 标签数量及其他试验要求，选择最适酶切方案，选择原则如下：（1）酶切片段是位于重复序列上的比例越小越好；（2）酶切片段在基因组上分布要均匀；（3）酶切片段长度与具体实验体系尽量要吻合；（4）酶切片段（SLAF 标签）的数量要满足预期标签数。（二）基因组测序根据前面试验所得最佳酶切方案，，对符合酶切要求的各样品基因组 DNA 分别进行酶切。对得到的酶切片段（SLAF 标签）依次进行 3′端加A 处理、连接 Dual-index测序接头、PCR 扩增、纯化、混样、切胶选取目的片段，随后使用 Illumina 平台进行高通量测序。另外，为评估酶切试验的准确性，本试验选用水稻日本晴作为对照进行测序。流程图如下
【学位授予单位】：长江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S917.4

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