分子动力学模拟研究靶向β分泌酶-1的选择性机制

发布时间：2025-04-23 01:38

　　 目的通过分子动力学模拟研究化合物Cpd-22选择性靶向β分泌酶-1(BACE-1)而非其同源蛋白β分泌酶-2(BACE-2)的选择性机制。方法采用分子动力学模拟技术,通过均方根偏差计算,评价化合物Cpd-22对BACE-1和BACE-2蛋白波动的影响;通过主成分分析,评价BACE-1和BACE-2蛋白结合Cpd-22的构象分布;通过溶剂可及表面积分析,评价BACE-1和BACE-2蛋白结合Cpd-22的蛋白在溶质中的稳定性;最后,通过结合自由能的计算与关键氨基酸残基,凸显BACE-1和BACE-2蛋白结合Cpd-22选择性差异的关键氨基酸残基。结果均方根偏差结果显示化合物Cpd-22在BACE-1中的波动明显小于在BACE-2中,说明Cpd-22在BACE-1中更为稳定。主成分分析研究显示,Cpd-22在BACE-1的构象相比BACE-2中的分布更为集中,验证了Cpd-22在BACE-1的构象变化小的结论。溶剂可及表面积分析同样显示,在溶质中,Cpd-22在BACE-1中的构象相比在BACE-2中更为稳定。关键氨基酸残基分解显示,氢键相互作用的关键氨基酸残基包括Gln97、Gly98等...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 BACE-1和BACE-2与Cpd-22复合物结构准备
    1.2 BACE-1 和 BACE-2 与 Cpd-22 复合物模拟体系准备
    1.3 BACE-1 和 BACE-2 与 Cpd-22 复合物体系的模拟
    1.4 数据分析
2 结果
    2.1 Cpd-22 与 BACE-1 结合相比 Cpd-22 与 BACE-2 的均方根偏差更小
    2.2 Cpd-22与BACE-1结合相比Cpd-22与BACE-2结合的构象分布更为集中
    2.3 Cpd-22与BACE-1结合相比Cpd-22与BACE-2结合的溶剂可及表面积更为稳定
    2.4 Cpd-22 与 BACE-1 和 BACE-2 的结合自由能存在差异
3 结论



本文编号：4041012