基于转录组数据的三峡库区消落带适生狗牙根SNPs和SSRs分析

发布时间：2025-07-08 22:33

　　 【目的】SNPs和SSRs标记在功能基因的识别和定位等方面具有重要作用。【方法】利用GATK和MISA软件分别分析狗牙根转录组测序数据的SNPs和SSRs。【结果】基于转录组数据搜索到297 542个SNP位点,主要以转换型为主;搜索到分布于18 982条Unigene中的22 154个SSR位点,发生频率为12.89%,SSR位点主要以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主,三者合计占比为94.99%,其中AG/CT和CCG/CGG分别在二核苷酸和三核苷酸重复中占比最高;基序长度在12～20 bp的SSRs数量最多,占比达78.52%。【结论】狗牙根转录组中的SNPs和SSRs位点具有数量多、类型丰富和多态性较好等特点,或可为后续遗传多样性分析、品质鉴定和抗性相关性状解析等提供参考。

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【部分图文】：

图5 SSRs基序长度分布

SSRs基序长度可用来评估多态性高低,通常12～20bp的长度范围具有中等多态性,低于12bp和高于20bp分别具有低多态性和高多态性[17]。本次实验获得的SSRs基序长度在12～246bp之间,平均长度为19.60bp。SSRs基序长度分布如图5,可知,基序长度在1....

图1 Unigene长度分布

表1转录本和Unigene组装结果Table1AssemblyresultsoftranscriptsandUnigene总数(nt)Totalnumber总长(nt)Totallength平均长度(nt)MeanlengthN50GC(%)转录....

图2 SNPs类型分布

图1Unigene长度分布2.3狗牙根转录组中SSR数量与分布

图3 SSRs类型分布

进一步统计SSRs分布可知,二核苷酸重复类型中4种SSRs数量大小为:AG/CT>AC/GT>CG/CG>AT/AT,其中AG/CT型SSRs数量明显高于其他3种,且与AT/AT型SSRs数量相差近10倍;三核苷酸重复类型中10种SSRs数量大小为:CCG/CGG>ATC/ATG....

本文编号：4056717