内蒙古蒙古族前列腺癌转录组差异分析比较

发布时间：2025-07-18 23:57

　　目的:前列腺癌的发生具有种族差异性,本文通过转录组测序研究了3例蒙古族前列腺癌患者的基因表达谱,并且利用生物信息学将其序列与蒙古族正常人以及汉族前列腺癌患者进行了基因表达谱比较,以期得到蒙古族前列腺癌患者特异表达基因,为挖掘蒙古族前列腺癌易感基因奠定实验基础。方法:将3例蒙古族前列腺癌患者分为实验组(T组,包括T1、T2、T3组);汉族前列腺癌患者分为阳性对照组(T4组);蒙古族正常人分为正常对照组(C1组);采集以上各组患者和正常人血液,提取RNA,利用Illumina测序平台进行转录组测序,将各组基因表达量进行比较,两组间表达量差异为|log2 Fold change|≥1和q<0.05的基因作为差异显著基因。将差异显著基因利用生物信息学软件进行GO功能注释以及GO富集分析,通过比较分析得到内蒙古蒙古族前列腺癌患者特异性表达基因。结果:通过高通量RNA测序和生物信息学分析,各组间比较得到以下研究结果:1.实验组与阳性对照组基因差异表达分析结果:(1)T1组与T4组基因表达谱比较,上调基因3046个,下调基因875个。其中差异表达显著上调基因 18 个,包括 ELANE、SIGL...

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1 实验流程图

质量合格的文库用Illumina平台进行测序。测序策略为PE150。其实验流程如下:2.5.4信息分析流程

图2 信息分析流程图

转录组测序信息分析流程包括测序数据质控、比对分析和深层分析转录组。数据质控主要是通过截取公共引物、去除低质量序列、去接头等过程,得到测序数据质量及序列长度分布;比对分析主要是根据不同的基因组注释信息对比对到基因组中的序列进行分类和特征分析,再计算相应的基因表达量;转录组深层分析主....

图3 Q30质控图

转录组测序得到的部分原始序列含有测序接头序列以及低质量序列,因此,我们对原始数据序列进行数据过滤及质量控制,得到高质量序列,后续分析基于高质量序列。所有样品过滤前各种Reads比例分布如下图3,表明样品质控良好。3.1.样品信息总汇

图4 表达量分布图

根据样品的基因表达量,绘制出样品的表达量密度图如图4,各样品的起峰指大概都在﹣5左右,但T2(PcaM2)峰值最高,其他样品的峰值无大差异。样品表达量分布基本一致。根据每个样品的表达量,对每个样品进行绘制箱型图,查看样品的表达量整体分布趋势,得到所有样品的表达量的分布箱式图如下图....

本文编号：4057639