基于RNA-Seq技术筛选涎腺腺样囊性癌嗜神经侵袭相关差异表达基因

发布时间：2025-06-10 00:42

　　唾液腺腺样囊性癌(salivary adenoid cystic carcinoma,SACC)的嗜神经侵袭(perineural invasion,PNI)特性非常独特,与其它头颈部肿瘤常见的生物学特征不相符。近些年不断有学者提出肿瘤的研究应在全基因组层面上研究所有基因的相互作用,从而对肿瘤有全面系统的认识。而传统的基因芯片(genechip)分析依赖于已知的基因组信息,这也是该技术的最大局限。RNA-seq技术可以揭示未知的转录本、遗传多态性(genetic polymorphism)以及基因融合(gene fusion),而基因芯片只能检出明确的已知目标。如果测序深度足够,RNA-seq技术相比于基因芯片更能高效的检测出高丰度以及低丰度的转录本。目前RNA-seq技术被广泛运用到分析差异表达基因(differential gene express,DGE),研究可变剪切(alternative splicing)以及发现新转录本(transcript)等方面,其相对于传统的测序方法具有压倒性优势。并且随着第二代测序技术的成熟、发展以及未来测序成本的进一步降低,RNA-seq技术的应...

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1.差异基因火山图和聚类热图

在施万细胞单独培养组与共培养组之间发现1239个差异基因(p-value≤0.05,|logFC|≥1.0),其内有757个基因上调(61%),482个基因下调(39%)。前20个差异表达基因见表3。绘制火山图以展示差异显著性基因的整体分布情况(图1C)。使用层次聚类对样本的表....

图2.SACC-83细胞共培养前后差异表达基因GO功能富集分析

SACC-83细胞共培养前后差异表达基因GO富集的分子功能(图2A)主要包括糖胺聚糖结合、含硫化物结合和肝素结合等;富集的细胞成分(图2B)主要包括细胞外基质以及蛋白质的细胞外基质等;富集的生物过程(图2C)主要有上皮的形态发生、横纹肌发生、肌肉发育、血管生成及再生等。图2D为G....

图3.SACC-83细胞共培养前后差异表达基因KEGG通路富集分析

SACC-83细胞共培养前后KEGG富集分析结果(图3)显示嗜神经侵袭相关差异基因参与了很多机体重要生物学通路,包括细胞因子受体相互作用、Wnt信号通路、组氨酸、酪氨酸代谢、黏着斑、代谢通路、癌症通路、趋化因子信号转导通路等。在细胞因子受体相互作用这一生物学过程中,我们发现与施万....

图4.施万细胞共培养前后差异表达基因GO功能富集分析

施万细胞共培养前后差异表达基因GO富集的有向无环图(DirectedAcyclicGraph,DAG)(图4A,B)是以图形化方式来展示差异基因的GO富集分析结果。DAG图的分支从上到下定义的范围越来越小,代表了包含关系。DAG图的主节点选取GO富集结果前十位,颜色越深富集程....

本文编号：4050055