苔海绵和叶片山海绵转录组的拼接、注释和分子标记挖掘

发布时间：2025-04-27 05:59

　　作为最原始的多细胞生物,海绵(多孔动物门,Porifera)已经在地球上生存了至少6亿年。自出现以来,海绵一直在生态系统方面扮演重要角色。近年来,海绵作为具有生物活性海洋天然产物的主要来源得到了广泛研究。此外,海绵骨针的特性及其生长机制和生物矿化过程也是研究热点。人们普遍认为海绵是现存最古老的多细胞种系,因此它在多细胞分化研究中的地位举足轻重。虽然海绵可被利用的价值如此之高,但是关于海绵的基础研究依然非常薄弱。 随着测序技术的迅猛发展,转录组作为一种有力的研究手段,已被广泛地运用到数以千计个物种的研究中。目前关于海绵转录组的研究有两篇报道,它们关注的焦点均是找出一批与海绵生活史相关的基因。转录组不仅可以用来获取反映特定生理状态的基因,还可用于开发新的分子标记。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)是指在DNA序列上,同一位点的不同等位基因之间核苷酸的差异,属于第三代DNA分子标记。通过分析编码序列区域的SNP,可以计算非同义替代率与同义替代率的比值(SNP A/S),进而研究物种的功能基因的选择压力。 本研究利用Illumina ...

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摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 海绵
        1.1.1 海绵概述
        1.1.2 海绵研究价值
        1.1.3 苔海绵和叶片山海绵简介
    1.2 转录组
        1.2.1 转录组概述
        1.2.2 转录组的研究手段
        1.2.3 海绵转录组研究概况
    1.3 SNP
        1.3.1 SNP概述
        1.3.2 SNP的研究手段
        1.3.3 海洋动物SNP研究与海绵SNP的研究进展
    1.4 本研究目的、意义和内容
第2章 海绵转录组unigene构建
    2.1 生物信息学分析平台构建
    2.2 转录组文库构建
        2.2.1 样品采集及cDNA文库构建
        2.2.2 文库测序
    2.3 转录组数据预处理及unigene拼接
        2.3.1 数据预处理
        2.3.2 unigene拼接
    2.4 海绵转录组拼接结果与分析
第3章 海绵转录组unigene的基因注释和GO(Gene Ontology)注释
    3.1 基因注释和GO(Gene Ontology)注释背景介绍
    3.2 海绵unigene的基因注释和GO注释方法构建
        3.2.1 海绵unigene的基因注释方法构建
        3.2.2 BLAST2GO数据库本地化
        3.2.3 海绵转录组GO注释及比较
    3.3 结果与分析
        3.3.1 海绵unigene的基因注释结果与分析
        3.3.2 unigene的GO注释结果与分析
        3.3.3 不同海绵转录组GO注释比较结果与分析
第4章 海绵转录组同源基因分析
    4.1 同源基因背景介绍
        4.1.1 同源基因概述
        4.1.2 海绵转录组同源基因背景介绍
    4.2 海绵转录组同源基因方法构建
        4.2.1 同源基因探测
        4.2.2 同源基因功能注释
    4.3 结果与分析
        4.3.1 不同海绵转录组之间的直系同源基因
        4.3.2 不同海绵转录组之间直系同源基因的功能注释
第5章 海绵转录组SNP分析
    5.1 海绵转录组SNP分析方法构建
        5.1.1 海绵转录组SNP检测
        5.1.2 海绵转录组SNP分布及SNP A/S计算方法
        5.1.3 海绵转录组SNPA/S分析
    5.2 海绵SNP结果
        5.2.1 SNP密度统计
        5.2.2 SNP A/S统计
    5.3 海绵SNP讨论
        5.3.1 SNP A/S在GO注释中的差异分布
1的CDS分析">        5.3.2 SNP A/S>1的CDS分析
        5.3.3 不足
参考文献
致谢



本文编号：4041860