绿豆AP2/ERF转录因子家族的生物信息学鉴定与特征分析

发布时间：2025-06-26 06:14

　　 AP2/ERF转录因子是一种在植物生长发育和(非)生物胁迫应答等过程中发挥重要作用的转录因子家族。本研究在绿豆全基因组范围内,利用生物信息学方法分析了AP2/ERF转录因子家族的成员、结构功能和理化性质等信息。结果表明:绿豆AP2/ERF转录因子家族包含87个成员,划分为ERF、DREB、AP2和RAV亚家族,其中76个成员不均匀的分布在11条染色体上;不同亚家族基因结构差异较大,除高度保守的AP2/ERF结构域外还存在其它保守结构域;各成员的蛋白分子量介于13.99～75.40 kD,理论等电点介于4.87～9.72,可能不存在信号肽且均属于亲水性蛋白;α-螺旋和无规则卷曲是主要的二级结构元件,三级结构与二级结构预测结果基本一致;丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸是主要的磷酸化作用位点,不同成员具有不同数量和长度的固有无序化区域。本研究结果将为进一步研究绿豆AP2/ERF转录因子功能提供理论依据,同时也为绿豆品种抗逆改良提供了依据。

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【部分图文】：

图1 拟南芥和绿豆AP2/ERF转录因子家族系统进化分析

参照前人的分析分类方法，在绿豆基因组中共鉴定了87个AP2/ERF转录因子，这些绿豆转录因子均包含一个或两个完整的AP2/ERF结构域。为对绿豆AP2/ERF转录因子进行精准分类，将87条绿豆与120条拟南芥AP2/ERF转录因子序列以NJ法构建发育进化树，并将绿豆AP2/ERF....

图4 绿豆AP2/ERF转录因子不同亚族的疏水性

蛋白质的三级结构是指该蛋白的多肽链以二级结构或超二级结构甚至结构域为基础，通过进一步的卷曲与折叠，借助次级键的维系与固定形成的特定空间结构。利用同源建模法，将87条绿豆AP2/ERF转录因子的蛋白序列提交至在线的SWISS-MODEL软件进行三级结构预测分析，该类转录因子蛋白主要....

图5 绿豆AP2/ERF转录因子各亚族的信号肽预测分析

图4绿豆AP2/ERF转录因子不同亚族的疏水性1.6绿豆AP2/ERF转录因子家族蛋白磷酸化位点分析

图7 绿豆AP2/ERF转录因子各亚族蛋白三级结构预测分析

图6绿豆AP2/ERF转录因子各亚族蛋白二级结构预测分析图8绿豆AP2/ERF转录因子的蛋白磷酸化位点分析

本文编号：4053290