新疆吉仁台沟口遗址出土古代盘羊的线粒体全基因组分析
发布时间：2021-05-19 18:49
新疆尼勒克吉仁台沟口遗址是伊犁河流域一处具有重要研究价值的青铜时代晚期聚落遗址,规模巨大,布局复杂,出土遗物丰富,它的发掘为建立伊犁河流域的史前考古学文化序列、了解伊犁河流域青铜时代考古学文化的具体面貌和早期中西文化的交流提供了极为宝贵的资料,对该遗址的全面、详细的研究有利于我们更好地了解吉仁台沟口遗址的文化内涵。考古工作者在吉仁台沟口遗址中发掘出了大量的动物骨骼遗骸,这些古动物遗骸以牛、马、羊居多,同时也有少量不明种属的野生动物遗骸,对这些野生动物遗骸的研究有利于我们了解古代居民的饮食结构、狩猎活动、经济模式等重要问题。我们在吉仁台沟口遗址收集到了9个野生动物遗骸,确切的种属不确定,需要通过古DNA的方法鉴定它们的种属。通过对吉仁台沟口遗址出土的9例不明种属动物遗骸展开古DNA测序分析,得到了5个理想的线粒体全基因组数据,并开展了古DNA分析。从Gen Bank数据库下载了42例线粒体全基因组序列,包括盘羊以及其他物种,利用相关软件将获得的数据与下载数据进行系统发育分析,构建NJ树、ML树及bayes树,系统发育结果显示古代样本与盘羊聚在一支,置信度较高,证明这5例样本是盘羊（Ovi...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
第1章 绪论
1.1 论文的选题目的及意义
1.2 新疆吉仁台沟口遗址
1.2.1 尼勒克县自然地理环境与历史概况
1.2.2 吉仁台沟口遗址的发掘
1.2.3 新疆尼勒克吉仁台沟口遗址的年代及文化意义
1.3 “黄羊”在中国的分布
1.4 新疆岩画中的羊
1.5 盘羊的种群特征、分布及分类
1.5.1 盘羊的种群特征
1.5.2 盘羊在我国的分布
1.5.3 盘羊的种属分类
1.5.4 盘羊濒危的原因
1.6 古DNA研究
1.6.1 古DNA研究对象及特点
1.6.2 古DNA研究的历史进程
1.6.3 DNA测序技术的发展
第2章 研究材料与方法
2.1 研究材料
2.2 实验试剂、实验仪器及常用溶液配制
2.3 实验方法与流程
2.3.1 前期处理
2.3.2 提取DNA
2.3.3 DNA文库构建
2.3.4 建库后样本检验及测序
2.3.5 古DNA真实性
2.4 数据分析
2.4.1 原始数据处理
2.4.2 线粒体基因组的提取
2.4.3 线粒体基因组的分析
第3章 实验结果及分析
3.1 实验结果
3.1.1 原始测序数据分析
3.1.2 古DNA损伤
3.2 线粒体全基因组系统发育分析
3.2.1 邻接树
3.2.2 最大似然树
3.2.3 贝叶斯树
3.3 盘羊亚种系统发育树分析—细胞色素b
3.4 母系群体历史分析
第4章 讨论
4.1 盘羊与古代居民的关系
4.2 关于盘羊母系种群大小变化的讨论
4.3 盘羊保护的建议
第5章 结语
参考文献
作者简介及科研成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]新疆尼勒克县吉仁台沟口遗址2015～2018年考古收获及初步认识[J]. 王永强,袁晓,阮秋荣. 西域研究. 2019(01)
[2]新疆塔什库尔干野生动物自然保护区马可波罗盘羊种群调查[J]. 陈强强,李美玲,韩芳,汪沐阳,徐文轩,杨维康. 四川动物. 2018(06)
[3]史前游牧生业的考古学观察——新疆西天山史前聚落分析[J]. 贾伟明. 西域研究. 2018(03)
[4]新疆尼勒克县吉仁台沟口遗址[J]. 阮秋荣,王永强. 考古. 2017(07)
[5]盘羊国内研究现状及展望[J]. 裴佩. 绿色科技. 2017(08)
[6]2015年新疆尼勒克县吉仁台沟口考古工作的新收获[J]. 王永强,阮秋荣. 西域研究. 2016(01)
[7]东帕米尔高原盘羊分布与栖息地植被覆盖时空变化[J]. 王玉涛,戴志刚,杨世杰,罗玉柱. 生态学报. 2016(01)
[8]DNA测序技术的进展和挑战[J]. 蔡晓静,朱煌,孔繁琪,冯婕妤,赵立全,牛宗镇. 现代生物医学进展. 2013(20)
[9]中国家养动物起源的古DNA研究进展[J]. 蔡大伟,孙洋. 边疆考古研究. 2012(02)
[10]汉代对羊纹金饰片初探[J]. 郑彤. 考古与文物. 2011(04)
博士论文
[1]青藏高原东北部及其周边地区新石器晚期至青铜时代先民利用动物资源的策略研究[D]. 任乐乐.兰州大学 2017
[2]新疆伊犁河谷史前考古学文化研究[D]. 李溯源.南京大学 2013
硕士论文
[1]内蒙古中部戈壁盘羊食性分析研究[D]. 裴佩.内蒙古师范大学 2017
[2]新疆尼勒克穷科克岩画研究[D]. 何军锋.西北大学 2005
本文编号：3196265
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
第1章 绪论
1.1 论文的选题目的及意义
1.2 新疆吉仁台沟口遗址
1.2.1 尼勒克县自然地理环境与历史概况
1.2.2 吉仁台沟口遗址的发掘
1.2.3 新疆尼勒克吉仁台沟口遗址的年代及文化意义
1.3 “黄羊”在中国的分布
1.4 新疆岩画中的羊
1.5 盘羊的种群特征、分布及分类
1.5.1 盘羊的种群特征
1.5.2 盘羊在我国的分布
1.5.3 盘羊的种属分类
1.5.4 盘羊濒危的原因
1.6 古DNA研究
1.6.1 古DNA研究对象及特点
1.6.2 古DNA研究的历史进程
1.6.3 DNA测序技术的发展
第2章 研究材料与方法
2.1 研究材料
2.2 实验试剂、实验仪器及常用溶液配制
2.3 实验方法与流程
2.3.1 前期处理
2.3.2 提取DNA
2.3.3 DNA文库构建
2.3.4 建库后样本检验及测序
2.3.5 古DNA真实性
2.4 数据分析
2.4.1 原始数据处理
2.4.2 线粒体基因组的提取
2.4.3 线粒体基因组的分析
第3章 实验结果及分析
3.1 实验结果
3.1.1 原始测序数据分析
3.1.2 古DNA损伤
3.2 线粒体全基因组系统发育分析
3.2.1 邻接树
3.2.2 最大似然树
3.2.3 贝叶斯树
3.3 盘羊亚种系统发育树分析—细胞色素b
3.4 母系群体历史分析
第4章 讨论
4.1 盘羊与古代居民的关系
4.2 关于盘羊母系种群大小变化的讨论
4.3 盘羊保护的建议
第5章 结语
参考文献
作者简介及科研成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]新疆尼勒克县吉仁台沟口遗址2015～2018年考古收获及初步认识[J]. 王永强,袁晓,阮秋荣. 西域研究. 2019(01)
[2]新疆塔什库尔干野生动物自然保护区马可波罗盘羊种群调查[J]. 陈强强,李美玲,韩芳,汪沐阳,徐文轩,杨维康. 四川动物. 2018(06)
[3]史前游牧生业的考古学观察——新疆西天山史前聚落分析[J]. 贾伟明. 西域研究. 2018(03)
[4]新疆尼勒克县吉仁台沟口遗址[J]. 阮秋荣,王永强. 考古. 2017(07)
[5]盘羊国内研究现状及展望[J]. 裴佩. 绿色科技. 2017(08)
[6]2015年新疆尼勒克县吉仁台沟口考古工作的新收获[J]. 王永强,阮秋荣. 西域研究. 2016(01)
[7]东帕米尔高原盘羊分布与栖息地植被覆盖时空变化[J]. 王玉涛,戴志刚,杨世杰,罗玉柱. 生态学报. 2016(01)
[8]DNA测序技术的进展和挑战[J]. 蔡晓静,朱煌,孔繁琪,冯婕妤,赵立全,牛宗镇. 现代生物医学进展. 2013(20)
[9]中国家养动物起源的古DNA研究进展[J]. 蔡大伟,孙洋. 边疆考古研究. 2012(02)
[10]汉代对羊纹金饰片初探[J]. 郑彤. 考古与文物. 2011(04)
博士论文
[1]青藏高原东北部及其周边地区新石器晚期至青铜时代先民利用动物资源的策略研究[D]. 任乐乐.兰州大学 2017
[2]新疆伊犁河谷史前考古学文化研究[D]. 李溯源.南京大学 2013
硕士论文
[1]内蒙古中部戈壁盘羊食性分析研究[D]. 裴佩.内蒙古师范大学 2017
[2]新疆尼勒克穷科克岩画研究[D]. 何军锋.西北大学 2005
本文编号：3196265
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