被子植物核糖体内转录间隔区2（ITS2）二级结构约束下的分子突变模式研究

发布时间：2025-05-07 05:17

　　核糖体内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)是被子植物分子系统学使用最多的分子标记之一,也是目前唯一被广泛使用的核基因标记。值得注意的是ITS2转录后的rRNA以二级结构的形式发挥重要功能。在功能约束下,其二级结构一侧配对碱基突变后,另一侧与它互补的碱基也要发生相应的替换,以维持结构的稳定性,这种特殊的碱基突变现象为碱基补偿进化(compensatory base-pair change,CBC)。根据CBC突变方式可推测:ITS2配对区突变一次,碱基改变两次。CBC现象表明系统发育分析所依据的“碱基位点突变的独立性和随机性”基本假设并不完全适用于ITS2序列。因此,深入研究ITS2二级结构约束下的分子突变的模式,构建新的RNA进化模型,可进一步提高基于ITS2的系统发育分析的准确性。本研究选取13741条ITS2序列,包括55科、80属、3934种被子植物,基本覆盖了被子植物目的多样性。我们以属为单位,使用LocARNA软件进行基于二级结构的序列比对与共有二级结构预测,获得ITS2序列-结构矩阵,根据共有结构信息,确定ITS2配对区和非配...

【文章页数】：74 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－１真核生物核糖体串联重复（灰框＞的组成及其丨ＴＳ２在其中的位置

证细胞的正常生理活动和??生长发育⑴。ｒＤＮＡ中的内转录间隔Ｋ?（ｉｎｔｅｒｎａｌ?ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ?ｓｐａｃｅｒ，?ＩＴＳ）介于１８Ｓ??ｒＤＮＡ和２８Ｓ?ｒＤＮＡ之间，包含内转录间隔区?Ｋｉｎｔｅｍａｌ?ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ?ｓｐａｃｅｒ?１，ＩＴＳ１?），??５．８....

图１－４?ＲＮＡ?６Ａ替换速率矩阵??Ｆｉｇｕｒｅ?１－４．?ＲＮＡ?６Ａ?ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ?ｍａｔｒｉｘ??

山东大学硕士学位论文??但是实际使用这种参数较多的模型时会出现一些问题。首先，当ＲＮＡ数据??有限时，样本数据很难提供足够的信息来正确估计所有参数，尤其是那些与稀有??配对和稀有替换事件相关的参数。其次，大量参数会导致分析过程中巨大的不确??定性及其产生的计算量。考虑到在ＲＮＡ螺....

图１－５?ＲＮＡ?７Ａ替换速率矩阵??Ｆｉｇｕｒｅ?１－５．?ＲＮＡ?７Ａ?ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ?ｍａｔｒｉｘ??

山东大学硕士学位论文??但是实际使用这种参数较多的模型时会出现一些问题。首先，当ＲＮＡ数据??有限时，样本数据很难提供足够的信息来正确估计所有参数，尤其是那些与稀有??配对和稀有替换事件相关的参数。其次，大量参数会导致分析过程中巨大的不确??定性及其产生的计算量。考虑到在ＲＮＡ螺....

图１－６?２３种ＲＮＡ模型关系图??Ｆｉｇｕｒｅ?１－６．?Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ?ｂｅｔｗｅｅｎ?２３?ＲＮＡ?ｍｏｄｅｌｓ??

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本文编号：4043660