黄瓜两个不同果形自交系全基因组多态性检测及果形相关QTLs定位
发布时间：2025-07-02 23:46
黄瓜（Cucumis sativus L.）是世界上重要的蔬菜经济作物。果实大小和形状是与黄瓜产量及外观品质相关的重要农艺性状,但是迄今为止,与其相关基因精细定位及克隆的报道较少,分子机制也不是很清楚。为了探究控制果实大小和形状的分子机制,本研究选育了两个黄瓜自交系:CNS21和RNS7。CNS21果实呈长棒状,果型指数约为10,RNS7为近圆形,果型指数约为1。除此之外,这两个自交系的表型还有其他差异,如CNS21的节间比较细长,叶子边缘褶皱少,商品瓜为翠绿色,成熟瓜果皮黄色,白刺,3心室;而RNS7的节间相对短粗,叶边缘褶皱多,叶片不平展,商品瓜为黄绿色,成熟瓜果皮红棕色,黑刺,4-5心室。主要结果如下:（1）对这两个自交系进行了基因组重测序。共分别得到71,497,784和65,875,278clean reads,质量值大于Q30的比例均大于80%。其中分别有88.73%和89.2%匹配到参考基因组“Chinese long”9930上,平均测序深度分别为18X和19X,大于10X的覆盖率分别为89%和91%。与参考基因组相比,在CNS21与RNS7基因组中,分别得到约15.90...
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
中文摘要
Abstract
1 前言
1.1 研究目的及意义
1.2 国内外研究进展
1.2.1 黄瓜果实大小的研究进展
1.2.2 其他作物果实大小的研究进展
1.2.3 黄瓜遗传图谱的研究进展
1.2.4 基因组重测序在黄瓜研究上的应用
2 材料与方法
2.1 试验材料
2.1.1 试验材料
2.1.2 试验所用酶及生化试剂
2.2 试验方法
2.2.1 黄瓜两亲本的基因组重测序及分析
2.2.1.1 样品的采集与处理
2.2.1.2 全基因组总DNA的提取
2.2.1.3 全基因组重测序前的准备工作
2.2.1.4 对测序数据进行质量控制
2.2.1.5 对重测序数据进行变异检测
2.2.1.6 测序数据的基因挖掘和功能注释
2.2.2 对重测序得到的变异进行验证
2.2.2.1 所需引物的设计
2.2.2.2 验证所用的PCR反应体系
2.2.2.3 PCR产物的电泳检测
2.2.2.4 PCR产物的测序验证
2.2.3 黄瓜果形相关的QTLs的定位
2.2.3.1 材料的种植与群体的构建
2.2.3.2 群体各植株表型的统计
2.2.3.3 群体各植株基因型的统计
2.2.3.4 QTLs的定位
3 结果与分析
3.1 两果形自交系的表型特征
3.2 对重测序数据进行分析及验证
3.2.1 测序过程的质控情况
3.2.2 与参考基因组的比对结果
3.2.3 变异位点的检测
3.2.4 CNS21和RNS7两样本间的变异数统计
3.2.5 对测序获得的多态性位点进行验证
3.2.6 检测到的变异在染色体上的分布特点
3.2.6.1 不同染色体上变异位点数目不同
3.2.6.2 不同染色体上变异的密度不同
3.2.6.3 各类型变异在条染色体上分布不均匀
3.2.7 检测到的SNP和InDel的特点
3.2.7.1 检测到的SNP的特点
3.2.7.2 检测到的InDel的特点
3.2.8 对变异位点进行功能注释
3.2.8.1 对SNP位点和InDels位点进行功能注释
3.2.8.2 IDPS在全基因组及CDS区的分布特点
3.2.8.3 对CNS21与RNS7间的SNP位点进行Pfam分析
3.2.8.4 对CNS21与RNS7间的差异基因进行GO分析
3.3 黄瓜果形相关的QTLs的定位分析
3.3.1 表型数据统计结果
3.3.2 遗传连锁图谱的构建
3.3.3 QTLs的定位结果
3.3.4 推测控制黄瓜果形的候选基因
4 讨论
4.1 SNPs和InDels的连锁性
4.2 黄瓜CDS区在进化过程中的保守性
4.3 控制黄瓜果形的候选基因
5 结论
6 参考文献
7 附录
8 致谢
本文编号：4055429
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
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中文摘要
Abstract
1 前言
1.1 研究目的及意义
1.2 国内外研究进展
1.2.1 黄瓜果实大小的研究进展
1.2.2 其他作物果实大小的研究进展
1.2.3 黄瓜遗传图谱的研究进展
1.2.4 基因组重测序在黄瓜研究上的应用
2 材料与方法
2.1 试验材料
2.1.1 试验材料
2.1.2 试验所用酶及生化试剂
2.2 试验方法
2.2.1 黄瓜两亲本的基因组重测序及分析
2.2.1.1 样品的采集与处理
2.2.1.2 全基因组总DNA的提取
2.2.1.3 全基因组重测序前的准备工作
2.2.1.4 对测序数据进行质量控制
2.2.1.5 对重测序数据进行变异检测
2.2.1.6 测序数据的基因挖掘和功能注释
2.2.2 对重测序得到的变异进行验证
2.2.2.1 所需引物的设计
2.2.2.2 验证所用的PCR反应体系
2.2.2.3 PCR产物的电泳检测
2.2.2.4 PCR产物的测序验证
2.2.3 黄瓜果形相关的QTLs的定位
2.2.3.1 材料的种植与群体的构建
2.2.3.2 群体各植株表型的统计
2.2.3.3 群体各植株基因型的统计
2.2.3.4 QTLs的定位
3 结果与分析
3.1 两果形自交系的表型特征
3.2 对重测序数据进行分析及验证
3.2.1 测序过程的质控情况
3.2.2 与参考基因组的比对结果
3.2.3 变异位点的检测
3.2.4 CNS21和RNS7两样本间的变异数统计
3.2.5 对测序获得的多态性位点进行验证
3.2.6 检测到的变异在染色体上的分布特点
3.2.6.1 不同染色体上变异位点数目不同
3.2.6.2 不同染色体上变异的密度不同
3.2.6.3 各类型变异在条染色体上分布不均匀
3.2.7 检测到的SNP和InDel的特点
3.2.7.1 检测到的SNP的特点
3.2.7.2 检测到的InDel的特点
3.2.8 对变异位点进行功能注释
3.2.8.1 对SNP位点和InDels位点进行功能注释
3.2.8.2 IDPS在全基因组及CDS区的分布特点
3.2.8.3 对CNS21与RNS7间的SNP位点进行Pfam分析
3.2.8.4 对CNS21与RNS7间的差异基因进行GO分析
3.3 黄瓜果形相关的QTLs的定位分析
3.3.1 表型数据统计结果
3.3.2 遗传连锁图谱的构建
3.3.3 QTLs的定位结果
3.3.4 推测控制黄瓜果形的候选基因
4 讨论
4.1 SNPs和InDels的连锁性
4.2 黄瓜CDS区在进化过程中的保守性
4.3 控制黄瓜果形的候选基因
5 结论
6 参考文献
7 附录
8 致谢
本文编号：4055429
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/4055429.html
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