奶山羊乳腺组织差异表达miRNA功能预测及miR-135a对PRLR基因靶向调控研究

发布时间：2025-04-27 02:15

　　深入了解乳腺发育与泌乳的分子机制对于改善奶的生产能力有重要的指导意义，为找到miRNA在泌乳期乳腺的生长发育及泌乳过程中发挥的基因表达调控作用，本研究根据已有的崂山奶山羊不同泌乳时期miRNA表达谱及奶牛乳腺组织转录本数据，通过聚类分析、靶基因预测及功能注释等数据挖掘和生物信息学分析方法，对其中差异表达的miRNA做了乳腺发育相关的生物学解释。经生物信息学分析后，以崂山奶山羊单克隆乳腺分泌上皮细胞为试验材料，通过载体构建和细胞转染，利用qRT-PCR、双荧光素酶报告基因系统及Western-blot等方法验证miR-135a与PRLR基因的靶向关系。主要研究结果如下： （1）通过对miRNA在三个时期高通量测序表达谱中表达量的差异分析，在不同泌乳时期筛选到差异表达miRNA共有66个，其表达模式被聚为6类； （2）以奶牛不同泌乳期乳腺组织转录本为基础，经TargetScan6.2软件进行靶基因预测后，共获得62个miRNA调控的候选靶基因813个； （3）通过功能注释，共对804条序列进行了GO注释，其中有8个基因直接注释到乳腺发育功能，分别为PRLR、TGFBR2、ERBB...

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

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符号说明
中文摘要
ABSTRACT
1 引言
    1.1 MicroRNA 的研究进展
        1.1.1 miRNA 的基本特征及作用机制
        1.1.2 miRNA 的鉴定
        1.1.3 miRNA 靶基因的预测及验证
        1.1.4 乳腺发育及泌乳相关 miRNA 的研究进展
        1.1.5 miR-135a 的在动物中的研究进展
    1.2 乳腺发育、泌乳及退化相关功能基因及通路
        1.2.1 GO 注释与 KEGG 注释
        1.2.2 JAK-STAT 信号通路
    1.3 PRLR 研究进展
    1.4 本研究的目的意义
2 材料和方法
    2.1 数据挖掘与分析
        2.1.1 试验数据
        2.1.2 主要数据库及生物分析软件
        2.1.3 差异表达 miRNA 的筛选与聚类
        2.1.4 差异表达 miRNA 的靶基因的预测
        2.1.5 miRNA 及靶基因的生物信息学分析
    2.2 分子试验材料与方法
        2.2.1 菌株、载体和细胞
        2.2.2 主要仪器设备
        2.2.3 主要试剂及来源
        2.2.4 常用试剂的配置
        2.2.5 miR-135a 真核表达载体及 PRLR 报告基因载体构建
        2.2.6 重组载体去内毒素质粒提取
        2.2.7 乳腺上皮细胞转染
        2.2.8 荧光定量 PCR 检测 mir-135a 及 PRLR 基因表达量
        2.2.9 双荧光素酶报告基因系统验证 miR-135a 与 PRLR 靶向关系
        2.2.10 Western blot 检验 PRLR 蛋白表达量变化
        2.2.11 统计分析
3 结果与分析
    3.1 miRNA 表达谱的数据挖掘及生物信息学分析
        3.1.1 差异表达 miRNA 的筛选与聚类
        3.1.2 差异表达 miRNA 的靶基因预测
        3.1.3 miRNA 靶基因的生物信息学分析
    3.2 miR-135a 与 PRLR 靶向关系分析
        3.2.1 miR-135a 靶基因的生物信息学预测
        3.2.2 miR-135a 真核表达载体及 PRLR 报告基因载体构建
        3.2.3 荧光定量 PCR 检测 mir-135a 及其靶基因 PRLR 表达量
        3.2.4 双荧光素酶报告基因系统验证 miR-135a 与 PRLR 靶向关系
        3.2.6 miR-135a 对 PRLR 蛋白表达的影响
4 讨论
    4.1 乳腺发育过程中 miRNA 的表达模式与其功能的相关性
    4.2 miRNA 靶基因预测及其功能预测的关系
    4.3 乳腺发育及泌乳相关的 miRNA 及其靶基因
    4.4 miR-135a 对乳腺发育及泌乳的调节作用
5 结论
参考文献
附录
致谢
攻读硕士期间发表论文情况



本文编号：4041720