基于益生菌调节的太平鸡回肠SNP位点分析

发布时间：2025-05-14 23:22

　　 为挖掘益生菌调节下太平鸡回肠SNP位点,将120只太平鸡随机分为对照组与益生菌组,采用高通量测序技术对太平鸡回肠转录组的SNP位点进行分析。结果显示:SNP类型中,转换类型明显高于颠换类型,对照组中转换类型占22.55%～27.45%,颠换类型占11.43%～13.87%;益生菌组与对照组结果相似,转换类型(22.53%～27.46%)明显高于颠换类型(11.37%～13.94%)。SNP位置分析表明,对照组和益生菌组总SNP位点分别为4 684 072和4 647 171个,其中位于内含子和基因间区的SNP位点最多。另外,在SNP功能分析中,同义突变SNP占比最高,在对照组和益生菌组中分别占7.01%和7.10%;非同义突变SNP在对照组和益生菌组中占比分别为2.97%和2.98%。该研究结果可为今后太平鸡的分子标记开发、遗传连锁图谱构建以及辅助育种等提供基础数据。

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【部分图文】：

图1 建库原理

试验流程按照样品制备试剂盒操作说明的标准步骤执行。每个样品取3μL的RNA用作RNA样品准备的输入材料构建6个测序文库。流程如下:通过带有Oligo(dT)的磁珠富集具有polyA尾巴的真核mRNA后,用超声波将mRNA打断。以片段化的mRNA为模版,随机寡核苷酸为引物,在M-....

图2 RNA 琼脂糖凝胶电泳检测结果

该研究提取的RNA如图2所示,RNA样品28S、18S、5S条带清晰无降解;紫外分光光度法和Nanodrop结果表明OD260nm/OD280nm为1.8～2.0,RNA的完整性和纯度都较好,达到Illumina的测序要求(表3),可用于后续的基于HiseqTM2500平台....

图3 高通量测序鉴定太平鸡SNPs位置分析

对太平鸡回肠转录组序列SNP位置进行分析,CT组和MP组总的SNP位点分别为4684072和4647171个,其中位于内含子和基因间区的SNP位点最多,位于内含子的SNP位点在CT组占59.69%,MP组中占59.94%。位于基因间区的SNP位点在CT组占20.56%,M....

图4 高通量测序鉴定太平鸡SNPs功能分析

图3高通量测序鉴定太平鸡SNPs位置分析对太平鸡突变类型的功能SNP进行分析,同义突变SNP占比最高,CT组中为7.01%,MP组中占7.10%;非同义突变SNP在CT组中占比为2.97%,MP组中占2.98%。其他突变既移码缺失、终止密码突变、非移码缺失、移码插入、非移码插入....

本文编号：4045890