五指山猪皮下脂肪组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析

发布时间：2025-05-19 23:40

　　 为了鉴定和分析五指山猪背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)和信使RNA(messenger RNA, mRNA),采用RNA-Seq和生物信息学方法对五指山猪皮下脂肪组织中的lncRNA和mRNA进行分析筛选,运用DESeq鉴定背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的lncRNA和mRNA,并对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果显示:在五指山猪皮下脂肪组织中共鉴定出12 875个lncRNA,其中正义型10 155个、反义型278个、内含子型246个、基因间型2 196个;在背部与腹部皮下脂肪间,存在184个差异表达的mRNA,其中前十位分别是ZIC1、ZIC4、HAND2、CCBE1、RPH3A、ISM1、ANXA8、SLITRK4、DSG2、EVPL,存在45个差异表达的lncRNA,其中6个只在背部皮下脂肪中表达、18个只在腹部皮下脂肪中表达;获得差异表达lncRNA的靶基因共109个,包括顺式作用的靶基因和反式作用的靶基因。本试验为进一步研究lncRNA和mRNA调控猪皮下脂肪发育的分子机制提供科学依据...

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【部分图文】：

图3 五指山猪皮下脂肪lncRNA和mRNA的特征

热图结果显示,不同部位皮下脂肪的lncRNA和mRNA存在明显差别;同一部位脂肪组织的3个生物学样本,重复性较好(图4)。表2脂肪组织间差异表达的lncRNA和mRNA比对的样品RNA的种类差异表达总数上调数目下调数目背部皮下脂肪VS腹部皮下脂肪lncRNA45....

图4 差异表达lncRNA和mRNA的热图

表3差异倍数绝对值前10位的差异表达基因比对的样品基因编号差异倍数基因名称上调/下调背部皮下脂肪VS腹部皮下脂肪ENSSSCG00000011692-8.65359824964755ZIC1下调ENSSSCG00000011693-8.018398099....

图1 4种分析软件鉴定lncRNA的维恩图

通过测序后筛选,在五指山猪脂肪组织样品中共鉴定出12875个lncRNA(图1)。依据lncRNA和蛋白编码基因间的位置关系,可以将lncRNA分为4种类型,分别是正义型(Sense)、反义型(Antisense)、内含子型(Intronic)和基因间型(Intergenic)....

图2 lncRNA的分类图

依据lncRNA和蛋白编码基因间的位置关系,可以将lncRNA分为4种类型,分别是正义型(Sense)、反义型(Antisense)、内含子型(Intronic)和基因间型(Intergenic)。在检测的五指山猪脂肪组织中,SenselncRNA有10155个、Antise....

本文编号：4046502