基于重测序研究贵州地方猪种基因组拷贝数变异

发布时间：2025-06-26 03:13

　　拷贝数变异（Copy Number Variation,CNV）是一种存在于个体或群体之间的基因组结构变异,是基因组遗传变异的重要组成部分,主要与一些复杂性状、疾病易感性及进化相关。贵州地方猪具有体型小、生长速度缓慢、瘦肉率低、背膘厚、繁殖力低等缺点,但抗逆性强和肉质细嫩等优势突出,影响这些表型的更深层次的分子机制尚不清楚。因此,本论文采用Read Depth方法对基因组重测序数据进行基因组CNV检测,从基因组水平探索CNV在猪群中的变异规律、CNV对贵州地方猪性状的影响,以及CNV与皱皮香猪皮下脂肪和皮肤皱褶表型的联系。主要研究结果如下:基于全基因组重测序数据,使用Read Depth方法鉴定了3,814个非冗余的CNVRs,长度变异范围4.36 kb至912.80 kb,中值21.77 kb,覆盖基因组长度121.08 Mb,覆盖率5.06%。有1,778个（46.62%）CNVRs与已知CNVR相重叠,2,036个（53.38%）为本研究首次检出,qPCR验证了随机挑选的9个CNVRs真实存在。CNVRs由拷贝数缺失（deletion）和拷贝数重复（duplication）两种变异...

【文章页数】：98 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
1 前言
    1.1 引言
    1.2 贵州地方猪种
        1.2.1 香猪
        1.2.2 关岭猪
        1.2.3 萝卜猪
        1.2.4 黔北黑猪
        1.2.5 柯乐猪
    1.3 基因组拷贝数变异研究进展
    1.4 基因组拷贝数变异的形成机制
        1.4.1 非等位基因同源重组(NAHR)
        1.4.2 非同源末端连接(NHEJ)
        1.4.3 复制叉延迟和模板转换(FoSTeS)
        1.4.4 转座元件介导的插入(MEI)
    1.5 基因组拷贝数变异的检测方法
        1.5.1 SNP芯片
        1.5.2 比较基因组杂交技术
        1.5.3 全基因组重测序方法
    1.6 基因组拷贝数变异对表型的影响
    1.7 研究目的意义
2 材料和方法
    2.1 试验材料
        2.1.1 试验样品
        2.1.2 生物信息学分析软件及数据库
        2.1.3 试验仪器及试剂
        2.1.4 主要溶液配制
    2.2 基因组DNA提取和质量检测
    2.3 基因组文库构建及重测序
    2.4 生物信息学分析
        2.4.1 基因组重测序数据质控
        2.4.2 序列比对
        2.4.3 基因组拷贝数变异检测
        2.4.4 拷贝数变异合并
        2.4.5 拷贝数变异的基因注释及功能分析
    2.5 引物设计
    2.6 试验方法
        2.6.1 PCR扩增
        2.6.2 目的片段回收与纯化
        2.6.3 目的片段连接
        2.6.4 大肠杆菌(DH5α)感受态细胞制备
        2.6.5 重组质粒转化
        2.6.6 阳性菌落PCR鉴定
        2.6.7 阳性质粒DNA提取
        2.6.8 DNA目的片段测序
        2.6.9 测序片段序列分析
    2.7 基因组拷贝数变异定量分析
    2.8 数据统计分析
3 结果
    3.1 全基因组拷贝数变异分析
        3.1.1 拷贝数变异检测
        3.1.2 与已知CNVR比较分析
        3.1.3 qPCR验证群体基因组的拷贝数变异
            3.1.3.1 基因片段克隆与测序
            3.1.3.2 标准曲线建立
            3.1.3.3 CNVRs的群体拷贝数变异规律
    3.2 贵州地方猪群间拷贝数变异分析
        3.2.1 拷贝数变异聚类分析
        3.2.2 贵州地方猪和欧洲猪比较分析
        3.2.3 贵州地方猪种间比较分析
        3.2.4 特异性CNVR的基因注释和功能分析
    3.3 皱皮香猪的拷贝数变异研究
        3.3.1 样品
        3.3.2 皱皮香猪拷贝数变异分析和功能预测
        3.3.3 QTL分析
4 讨论
    4.1 全基因组拷贝数变异分析
    4.2 贵州地方猪种与欧洲猪种之间拷贝数变异分析
    4.3 贵州地方猪种之间特有拷贝数变异分析
    4.4 皱皮香猪相关性状的拷贝数变异分析
5 结论
致谢
参考文献
附图1 CNVRs标准曲线
附图2 测序片段
附录一



本文编号：4053064