基于转录组测序的奶牛产奶性状重要功能基因挖掘

发布时间：2025-05-29 05:33

　　 挖掘奶牛产奶性状功能基因和重要遗传变异历来是我国奶牛分子育种的关键。本研究分别采集高产奶牛和低产奶牛泌乳期的血液组织,利用转录组测序进行高低产组差异表达基因分析、遗传变异的检测和功能注释。基因表达分析结果显示,在两组间共检测到431个差异表达基因,这些基因富集在代谢过程、激素调节、细胞迁移、免疫等生物学过程。研究同时检测到373 049个SNPs和42 273个Indels,其中75 363个是新发现的遗传变异。将遗传变异在高低产组中的等位基因频率分布情况与基因表达分析结果进行整合分析,最终筛选出12个影响奶牛产奶性状的重要候选基因:ASS1、CKB、GGT1、MGAM、SDSL、HP、LTF、MMP9、UPP1、DEFB4A、PGLYRP1、MS4A8和14个位于这些基因内的重要遗传变异。

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【部分图文】：

图1 遗传变异筛选结果分析

同时,我们筛选到在低产组中突变等位基因频率≥1/2,且在高产组中等位基因频率≤1/3的遗传变异共40650个,其中33687个已存在于dbSNP数据库中(图1),其中被预测对蛋白功能具有重要(HIGH)影响的遗传变异有120个,对蛋白功能为中等程度(MODERATE)影响的遗....

图3 重要候选基因突变位点不同基因型下的基因表达量

表712个重要候选基因的遗传变异情况基因基因ID染色体位置dbSNP＿ID突变前突变后突变类型FoldChangeASS1ENSBTAG0000002074711100841902.GGC剪接供体突变/内含子突变2.13CKBENSBT....

图2 差异表达基因与含有重要遗传变异基因的整合分析

将差异表达基因与上述筛选的含有重要遗传变异的基因取交集,共获得47个基因(图2)。其中在高产组中突变等位基因频率≥1/2,且低产组中等位基因频率≤1/3,同时预测对蛋白功能具有HIGH或MODERATE影响的遗传变异所涉及的基因与差异表达基因取交集,共筛选到28个基因,其中24个....

本文编号：4048808